Nel 1866 con RD del 23 dicembre venne istituito ad Acireale un Comizio Agrario per l’utilità e l’incremento dell’agricoltura, che fu legalmente costituito e riconosciuto come stabilimento di  pubblica utilità nel 1868. Il Comizio disponeva di collezioni di barbatelle e di talee di viti americane, di varietà di pesco, di pere e di albicocco ed aveva la sua sede presso il locale ex convento dei Cappuccini.

Con legge del 7 luglio 1907 n. 434 venne istituita la Stazione Sperimentale di Frutticoltura ed Agrumicoltura che disponeva di un campo sperimentale di circa un ettaro e che svolse attività fino al 1967. Nel giugno del 1918 la Stazione Sperimentale poté disporre anche di un campo di circa 4 ettari in contrada SS. Salvatore, attorno alla attuale sede, la quale venne inaugurata nel 1922. In detto campo furono impiantati nel 1919 i primi appezzamenti sperimentali di limone, di fruttiferi vari, fra cui numerose piante di origine subtropicale (feijoe, annone, casimiroe, pecan, ecc.), di vivai di agrumi e di altre piante da frutto.

Primo direttore della stazione, in carica fino al 1931, fu Luigi Savastano, che può considerarsi il primo maestro della scuola italiana di Arboricoltura. Il personale tecnico della Stazione si componeva di un direttore agronomo, di un vice direttore chimico e di un assistente capo coltivatore, oltre al personale amministrativo ed operaio. Dal 1956, la Stazione poté disporre di un campo sperimentale dell’estensione di 25 ettari in contrada Palazzelli di Lentini, nel quale vengono condotte ricerche sull’arancio, sul pompelmo, sui mandarini e vari ibridi.

Dal 1932 al 1935 subentrò alla direzione della Stazione il prof. Domenico Casella, proveniente dalla R. Scuola Superiore Agraria di Portici. Dal 1936 al 1938 l’incarico della direzione fu affidato al direttore chimico G. Ajon. Dal 1938 al 1947 subentrò alla direzione della Stazione il prof. Vincenzo Carrante. Nel 1941 si ebbe una prima riforma della sperimentazione in funzione della quale la Stazione Sperimentale avrebbe potuto beneficiare di una maggiore disponibilità di personale. Dal 1948 al 1965 la direzione della Stazione Sperimentale venne tenuta dal prof. G. Ruggieri, a cui tanto deve l’attuale organizzazione dell’Istituto. Durante la sua direzione furono riattati i due campi sperimentali di “Galatea” con le relative collezioni di agrumi, rinnovati i laboratori con un impianto pilota per lo studio dei succhi di agrumi ed un laboratorio di nematologia.
Dal 1965 al 1972 l’Istituto è stato diretto dal prof. Enrico Di Martino che ha guidato la Stazione nella fase di trasformazione, infatti con DPR del 23 novembre 1967, n. 1318 fu istituito l’Istituto Sperimentale per l’Agrumicoltura. Dal 1972 al  1991 l’Istituto è stato diretto dal prof. Paolo Spina. Successivamente fino al 2003 l’Istituto è stato diretto dal dr. Giorgio Terranova.

Nel 1999 viene costituito il Consiglio di Ricerca in Agricoltura (C.R.A.) e nel 2004 diventa operativo; nel 2007 l’Istituto viene trasformato in CENTRO DI RICERCA PER L’AGRUMICOLTURA E LE COLTURE MEDITERRANEE, riunendo le competenze dell’ ISAGRU Acireale CT, dell’ ISAGRU - Sezione operativa periferica Reggio Calabria, dell’ Istituto Sperimentale per la Cerealicoltura - Sezione operativa periferica CT  e dell’ Istituto Sperimentale per l’Olivicoltura - Sezione operativa periferica di Palermo.
Attualmente direttore incaricato temporaneo è il dr. Francesco Intrigliolo.